Sedan augusti 2016 har Havsmiljöinstitutet en styrelse med uppgift att fatta beslut om och göra uppföljningar av Havsmiljöinstitutets verksamhet.
Styrelsen består av totalt åtta ledamöter. Förutom representanter för de fem lärosäten som ingår i Havsmiljöinstitutet: Göteborgs universitet, Linnéuniversitetet, Stockholms universitet, Sveriges lantbruksuniversitet och Umeå universitet, ingår även tre externa ledamöter, som inte är anställda vid något av ovan nämnda lärosäten. Samtliga ledamöter utses fram till sista december 2020.
Ordförande i styrelsen är Göran Bengtsson. Styrelsen ska sammanträda minst två gånger per år och har i uppgift att ”följa och ta initiativ till institutets strategiska utveckling samt följa upp dess verksamhet i enlighet med regeringens beslut”. Styrelsen ska fatta beslut om:
Styrelserepresentanter från universiteten:
Externa ledamöter:
Sedan augusti 2016 har Havsmiljöinstitutet även ett nationellt samrådsorgan. Till samrådsorganet bjuds myndigheter som berörs av Havsmiljöinstitutets verksamhet in minst två gånger per år för att säkerställa att institutets verksamhet avspeglar de behov som myndigheterna har.
