Havsmiljöinstitutets styrelse har till uppgift att fatta beslut om och göra uppföljningar av Havsmiljöinstitutets verksamhet.
Styrelsen består av åtta ledamöter. Fem av ledamöterna representerar de fem lärosäten som ingår i Havsmiljöinstitutet: Göteborgs universitet, Linnéuniversitetet, Stockholms universitet, Sveriges lantbruksuniversitet och Umeå universitet. Därutöver ingår tre externa ledamöter. Samtliga ledamöter är utsedda fram till sista december 2021.
Ordförande i styrelsen är Göran Bengtsson. Styrelsen ska sammanträda minst två gånger per år och har i uppgift att följa och ta initiativ till institutets strategiska utveckling samt följa upp dess verksamhet i enlighet med regeringens beslut. Styrelsen ska fatta beslut om:
Styrelserepresentanter från universiteten:
Externa ledamöter:
Havsmiljöinstitutet har också ett nationellt samrådsorgan.