Havsmiljöinstitutet samverkar i havsmiljöfrågor med en rad nationella organisationer och myndigheter. Inom olika projekt- och programområden samverkar forskare inom Havsmiljöinstitutet för att ta fram forskningsöversikter, rapporter och artiklar som underlättar det nationella miljöövervakningsarbetet.
Institutet bidrar också genom att utifrån vetenskaplig kompetens svara på utsända remisser från myndigheter och departement som berör havsmiljöfrågor.